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L'endiguement est la première forme de dégradation induite par l'homme. Jusqu'à la moitié du XIX° siècle, l'Isère a connu une augmentation de son débit due au "Petit Âge Glaciaire" (1545-1850). Ce phénomène a entraîné le réhaussement de la nappe et un élargissement du lit augmentant ainsi la fréquence des inondations et diminuant l'espace cultivable. En réponse à cela, un endiguement de l'Isère a été réalisé entre 1850 et 1950. Dans un premier temps, du fait de l'endiguement, les sédiments se sont déposés dans le lit mineur au lieu de s'épandre dans la plaine alluviale et ont entraîné de fréquentes inondations ainsi qu'un relèvement de la nappe. La plaine alluviale s'est transformée en marais : pour palier à ce problème, un réseau de drains ou chantournes a été creusé de chaque coté de la rivère.
A partir de 1950, la rivière a été fortement creusée afin d'extraire des matériaux de construction (graviers...). De ce fait, le lit de la rivière s'est enfoncé, la nappe a commencé à redescendre et les zones humides des berges, ne bénéficiant plus d'inondations fréquentes se sont assèchées. Cette évolution du lit a entraîné un recul de la forêt alluviale.

Malgré toutes les dégradations subies par les milieux naturels de la vallée, le Grésivaudan reste néanmoins un espace à potentiel environnemental.
Tout d'abord, bien qu'une forte proportion de la forêt alluviale ait disparu au profit de l'agriculture et de l'urbanisation (moins 30 % en 20 ans), elle reste encore très présente sur le territoire occupant plus de 2000 hectares. Elle occupe les digues de l'Isère et une partie de la plaine de part et d'autre de la rivière.
La coulée verte formée par la forêt alluviale constitue un corridor biologique longitudinal en connexion avec les corridors biologiques des affluents qui permettent la liaison entre les massifs (Chartreuse-Belledonne) et le déplacement des espèces dans la plaine.
A noter également la présence de nombreuses zones humides remarquables. Elles sont alimentées par la nappe alluviale et présentent des enjeux écologiques en terme d'habitat et de corridor biologique.
La plaine de l'Isère est parsemée de gravières qui ont servi à l'extraction de matériaux de construction. Ces milieux sont actuellement peu intéressant du point de vue écologique, avec leurs eaux pauvres et leurs berges trop verticales. Ils sont donc à mettre en valeur.
Enfin, à l'heure actuelle, du fait de la prise en compte de l'environnement qui se généralise, la qualité des milieux naturels s'améliore.